チャット同期をオフにすると、保存済みのチャットは削除されますか？

いいえ。今後の同期が止まるだけで、保存済みのデータはワークスペースに残り、権限に応じて引き続き閲覧できます。同期をオンにする前に、ワークスペースと許可の範囲を確認してください。同期できるのは WhatsApp から取得できるメッセージと添付ファイルのみのため、完全または恒久的なチャットのバックアップにはなりません。